Portál:Biochemie

     Biochemie

Užitečné odkazy

Zkouškové otázky Vypracované otázky z patobiochemie (1. LF UK, VL) Vypracované otázky z klinické biochemie (1. LF UK, VL) Vypracované otázky z biochemie (1. LF UK, VL, ÚLBLD) pro Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky Vypracované otázky z biochemie (1. LF UK, VL, ÚBEO) pro Ústav biochemie a experimentální onkologie Praktická cvičení Portál:Praktická cvičení z biochemie Pracoviště Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky 1. LF UK a VFN Ústav biochemie a experimentální onkologie 1. LF UK Ústav dědičných metabolických poruch 1. LF UK a VFN Ústav lékařské chemie a biochemie 2. LF UK Ústav klinické biochemie a patobiochemie FN Motol a 2. LF UK Ústav biochemie, bun. a mol. biologie - oddělení biochemie 3. LF UK Ústav biochemie a pathobiochemie FNKV a 3. LF UK Ústav lékařské biochemie LF UK v Hradci Králové Ústav lékařské chemie a biochemie LF UK v Plzni Biochemický ústav LF MU Ústav lekárskej chémie, biochémie, klinickej biochémie a LABMED LF UPJŠ Ústav lákařské chemie a biochemie LF UP Ústav lekárskej biochémie JLF UK Ústav lekárskej chémie, biochémie a klinickej biochémie LF UK Ústav chémie, klinickej biochémie a laboratórnej medicíny LF SZU

Poznávačka Procvičování chemických vzorečků Externí odkazy MEFANET portál Lékařská chemie a biochemie Průša, R. a kol.: Errata k učebnici MATOUŠ, B.: Základy lékařské chemie a biochemie Procvičování výpočtů (stechiometrie a pH) - přístupné pro studenty Univerzity Karovy, vyžaduje přihlášení jako do SIS Elektroforéza Diabetes mellitus Názvosloví IUPAC (anglicky) Barevný atlas biochemie (anglicky, přístupné ze sítě 1. LF UK / vzdálený přístup) Nicholson Animaps (anglicky) – animovaná schémata k nejvýznamnějším biochemickým reakcím Metabolické dráhy (anglicky) – známá Nicholsonova nástěnná mapa metabolických drah Vrozené poruchy metabolismu (anglicky) – obdobná mapa s doplněním údajů o nejčastějších vrozených poruchách metabolismu Encyklopedie laboratorní medicíny pro klinickou praxi – je nutná registrace (zdarma) Kardiomarkery Nebílkovinné dusíkaté látky Základy DNA diagnostiky

Techniky a metody

Mechanické operace, měření objemů a odměrná analýza Práce s roztoky • Měření objemů • Automatické pipety • Pipetování • Odměrná analýza • Bod ekvivalence • Příprava odměrných činidel • Filtrace • Centrifugace Elektrochemie a měření pH Elektrochemie • Elektrodové děje • Elektrodový potenciál • Standardní vodíková elektroda • Elektrochemický potenciál • Konduktometrie • pH • Měření pH • pH-metrie • Skleněná elektroda • Titrační křivka Optické metody Spektrofotometrie • Spektrofotometr • Barevnost látek • Absorbance • Transmitance • Kyveta • Warburgův optický test • Turbidimetrie a nefelometrie • Luminiscenční metody • Fluorimetrie a spektrofluorimetrie • Luminimetrie • Plamenová emisní fotometrie • Atomová absorpční fotometrie • Polarimetrie

Separační techniky Chromatografie • Chromatografie na tenké vrstvě • Gelová permeační chromatografie • Radiochromatografie • Elektroforéza • Elektroforéza bílkovin v séru • Elektroforéza nukleových kyselin • DGGE Ostatní Analytická chemie • Biuret • Biuretová reakce • Bunsenův kahan • Chemicky řízené iontové kanály • Coomassie brilliant blue G 250• Hefestin • Imunochemické metody • Kvalitativní analýza prvků důležitých z hlediska biologie a toxikologie • Mechanicky aktivované kanály • Pyrogalolová červeň• Rentgenová difrakční analýza • Roztok • Silikagel • Tollensova zkouška

Základy chemie Základy Stavba hmoty: Atom • Periodická soustava prvků Biofyzikální chemie: Avogadrova konstanta Elektrochemická rovnováha Chemická rovnováha Intracelulární transport Koncentrace Látková koncentrace Osmolalita Osmotický tlak Termodynamika a kinetika Součin rozpustnosti: Součiny rozpustnosti iontových sloučenin • Přibližné rozpustnosti iontových sloučenin Chemické vazby a základy chemických reakcí: Amfipatický charakter molekul Chemická vazba Chemické reakce Iontová vazba Indukční efekt Orbital • Hybridizace • Elektronegativita Reakce Reakční rychlost Redoxní potenciál Redoxní potenciál (FBLT) Vlastnosti vybraných sloučenin významných v medicíně: Arsen • Kyselina trihydrogenfosforečná Dusík Chemické vlastnosti hlavních biogenních prvků Voda: Fyzikální a chemické vlastnosti vody • Poruchy metabolismu vody• Voda v organismu Kyslík • Názvosloví anorganických sloučenin síry • Oxidy dusíku • Oxidy síry • Oxidy uhlíku Komplexní sloučeniny: Koordinačně kovalentní vazba • Koordinační reakce • Ligand Oxid dusnatý (FBLT) Příklady anorganických sloučenin významných v medicíně a toxikologii Těkavé látky Organika Alkoholy a fenoly Bílkoviny Esenciální mastné kyseliny Esenciální a postradatelné aminokyseliny Fosfolipidy Heterocyklické sloučeniny vonné (1. LF UK, NT) Sfingolipidy Glykosylace Karbonylové sloučeniny Karboxylové kyseliny Ketolátky Kyselina močová Mastné kyseliny Metabolismus (FBLT) Nejvýznamnější chemické reakce v metabolismu Pyrimidiny Reakce a deriváty monosacharidu, disacharidy, O- a N- glykosidová vazba, příklady Regulace ketogeneze Žlučové kyseliny Kyseliny a zásady Acidobazické indikátory • Bromtymolová modř • Etylester tetrabromfenolftaleinu • Fenolová červeň Amfolyty Báze Acidobazické reakce Hemoglobin jako pufr Hendersonova-Hasselbalchova rovnice Bikarbonátový pufr pH solí Pufr Pufry Teorie kyselin a zásad: pH silných kyselin a zásad • pH slabých kyselin a zásad Vztahy mezi acidobazickou rovnováhou a ionogramem Enzymy Enzymy Fosfolipázy • Fosfolipáza A Fyzikálně-chemické vlivy působící na činnost enzymů Glutathion Koenzymy • NADH • FAD • Koenzym Q • Koenzym A Názvosloví a klasifikace enzymů Názvosloví enzymů (FBLT) Mechanismus účinku enzymů Modulace aktivity již existujícího enzymu Oxidoredukční enzymy Regulační enzymy Specificita enzymů Stanovení enzymové aktivity Struktura enzymu Inhibice enzymů Izoenzymy a izoformy enzymů Interakce substrátu a enzymu Kofaktory enzymů Allosterická regulace enzymové aktivity

Sloučeniny Sloučeniny 7-dehydrocholesterol Acetaldehyd Acetyl-CoA Acetylcholin Adenosintrifosfát Alfa-1-mikroglobulin Arsenazo III Azauracil Beta-2-mikroglobulin Bromouracil cAMP Cholinesteráza Dichlorbenzendiazoniumtetrafluoroborát DMSA Ethidiumbromid Fosfatidylcholin Fosfomolybdenan amonný GABA Galaktitol Guanosintrifosfát High Density Lipoprotein Hybridizace Kolcemid Kreatin Kumenhydroperoxid Kyselina 5-aminolevulová Kyselina acetoctová Kyselina arachidonová Kyselina askorbová Kyselina orotová Kyselina pangamová Kyselina sulfosalicylová Lecitincholesterolacyltransferáza Lipoprotein (a) Morfin Nikotin Nikotinamidadenindinukleotid Nitroprusid sodný Nitrotetrazoliová modř Polycyklické aromatické uhlovodíky Polystyren Polyvinylpyrolidon Proteináza K Resveratrol S100 Taurin Tetrametylbenzidin Thiamin pyrofosfát Xantinoxidáza Hormony ADH • Endorfiny • Estrogeny • Erytropoetin • Gestageny • Glukagón • Glukokortikoidy • Choriový gonadotropin • Inzulin • Kalcitriol • Katecholaminy • Kortizol • Noradrenalin • Prostaglandiny • Renin-angiotenzin-aldosteronový systém • Růstový hormon obecně, sekrece, poruchy • Testosteron • Estradiol Vitaminy Vitaminy rozpustné v tucích: Vitamin A • Vitamin D • Vitamin D • Vitamin D a onemocnění parodontu • 1,25-dihydrocholekalciferol • Vitamin K Vitaminy rozpustné ve vodě: Biotin • Kyselina listová • Kys. pantothenová • Niacin • Riboflavin • Thiamin • Vitamin B12 • Vitamin B6 • Vitamin C Hygiena Benzalkonium chlorid Chloramin B Chlorhexidin Dezinficiencia a antiseptika Dodecylsíran sodný Guajakol Persteril Polyvinylpyrolidon Tenzid Thimerosal Stavební složky Aminokyseliny • Alanin • Arginin • Cystein • Fenylalanin • Glycin • Kyselina asparagová • Kyselina glutamová • Leucin • Lysin • Methionin • Prolin • Pyrrolyzin • Serin • Threonin • Tryptofan • Tyrozin • Valin Další významné deriváty aminokyselin Důležité reakce aminokyselin Tvorba neesenciálních aminokyselin v lidském těle Protein Cholesterol Eikosanoidy Gangliosidy Glycerol Glykoproteiny Glykované proteiny Haptoglobin Hem Hemoglobin Lipoproteiny Mukopolysacharidy NANA Plazmatické bílkoviny/přehled Pyruvát Sacharidy

Metabolismus

Přehled energetického metabolismu Regulace jednotlivých metabolických drah (FBLT) Regulace metabolických drah na úrovni buňky Selektivní transport Srdce energetického metabolismu Citrátový cyklus Dýchací řetězec Elektronový transportní řetězec Energetický metabolismus Kompartmentace metabolických dějů Kompartmentace metabolických drah Kompartmentace metabolických drah (FBLT) Makroergní sloučeniny, fosforylace na substrátové úrovni, pohon endergonních reakcí Metabolismus Meziprodukty energetického metabolismu Přehled sacharidů Přeměna glukózy na kyselinu glukuronovou Přenos elektronů Regulace Krebsova cyklu Regulace metabolických drah Reakce Krebsova cyklu Syntéza biologických polymerů Ukládání energie v buňce Tvorba ketolátek Bioenergetika buňky (úvod) Bioenergetika buňky Krebsův cyklus (FBLT) Dýchací řetězec a tvorba ATP Katabolické reakce Sacharidy Diabetes mellitus Fruktóza Fruktóza - metabolismus Glukoneogeneze Glykémie a její stanovení Glykogen Glykolýza Klasifikace a struktura sacharidů Metabolismus glykogenu Neinvazivní měření glykémie Orální glukózový toleranční test Pentosový cyklus Pyruvátdehydrogenáza Regenerační (neoxidační) fáze pentózového cyklu Regulace pentózového cyklu Škrob Tvorba glukózy Pentózový cyklus, metabolismus fruktózy, galaktózy a kyseliny glukuronové Lipidy Aceton Cholesterol Karnitin Karnitinový transportní systém Klasifikace a struktura lipidů Lipidy jako zdroj energie Metabolimus lipidů a lipoproteinů Odbourávání lipidů a metabolismus ketolátek Oxidativní fáze pentózového cyklu Oxidace mastných kyselin s lichým počtem uhlíků Oxidace nenasycených mastných kyselin Primární smíšené hyperlipidemie Reakce lipidů Regulace beta-oxidace mastných kyselin Regulace syntézy cholesterolu Tvorba mastných kyselin a triacylglycerolů β-oxidace

Proteiny Degradace proteinů na proteazomech Degradace proteinů Deubikvitinace Glukóza-alaninový cyklus Inhibitory proteazomu:Historie, Studie, 2. generace, Antabus Močovinový cyklus Metabolismus AMK skupiny pyruvátu a oxalacetátu Metabolismus aminokyselin Metabolismus aromatických aminokyselin Proteazom Ubikvitin-proteazomový systém a historie jeho objevu Ubikvitinace Základní biogenní aminy Nukleové kyseliny, steroidy, xenobiochemie Alkohol Biosyntéza nukleových kyselin a proteosyntéza v mitochondriích Biosyntéza nukleových kyselin Biotransformace Etanol Intoxikace alkoholy Metabolismus nukleotidů Steroidní hormony Syntéza steroidných hormónov Základní reaktivní formy kyslíku a dusíku

Články z oboru molekulární biologie

Základy molekulární biologie Genetický kód •Struktura DNA • RNA (mRNA • rRNA • tRNA) Replikace DNA • Transkripce • Posttranskripční úpravy • Translace • Translace u eukaryot • Translace u prokaryot • Posttranslační úpravy a targeting proteinů Chaperony • Kaspázy • Proteasomy • Restriktázy • Reverzní transkriptáza Polymerázová řetězová reakce • Základní techniky práce s tkáňovými kulturami • Identifikace buněk • Izolace buněk • Buněčná signalizace • Signalizace NO Uchování a exprese genetické informace Biochemie genového inženýrství (Dělení fragmentů DNA elektroforézou • Identifikace restrikčních fragmentů • Pomnožení a exprese izolovaného genu v hostitelské buňce • Syntéza umělé DNA • Štěpení DNA • ) • DNA čipy Biochemie virů (Interferony • Reprodukce DNA virů • Reprodukce RNA virů) Posttranslační úpravy a targeting proteinů (Posttranslační glykosylace proteinů • Receptorem zprostředkovaná endocytóza • Rozhodovací mechanismus k destrukci nefunkčních proteinů • Signální sekvence polypeptidu, volné a vázané ribozómy • Targeting jaderných proteinů • Targeting mitochondriálních proteinů • Targeting nezávislý na glykosylaci proteinů • ) Řízení genové exprese a proteosyntézy u prokaryot • Řízení genové exprese a proteosyntézy • Řízení genové exprese a proteosyntézy u eukaryot Kapitoly z knihy ŠTÍPEK, S.: Stručná biochemie uchování a exprese genetické informace: Struktura nukleových kyselin: Základní složky nukleových kyselin • Primární struktura nukleových kyselin • Řetězec nukleové kyseliny lze štěpit neenzymovou nebo enzymovou hydrolýzou • Metody sekvencování • Sekundární a vyšší struktura nukleových kyselin: Sekundární struktura DNA • Denaturace a reasociace řetězců nukleových kyselin, molekulární hybridizace • Sekundární struktura RNA • Topologie DNA; • Interakce DNA s proteiny, struktura chromosomu • Bakteriální chromosom • Eukaryotické chromosomy • DNA mitochondrií Biosyntéza nukleových kyselin: Replikace DNA • Transkripce Biosyntéza polypeptidového řetězce – translace: Transferové RNA (tRNA) • Aktivace aminokyselin, syntéza aminoacyl-tRNA • Funkce ribozómů v translaci • Translace u prokaryotů • Struktura ribozómů • Iniciace translace • Elongace peptidů • Terminace translace • Inhibitory bakteriální translace • Translace u eukaryotů • Struktura ribozómů • Iniciace eukaryotické translace • Elongace eukaryotické translace • Terminace eukaryotické translace • Inhibitory eukaryotické translace Genetický kód Biosyntéza nukleových kyselin a proteosyntéza v mitochondriích: Replikace mitochondriální DNA • Mitochondriální transkripce • Mitochondriální translace Řízení genové exprese a proteosyntézy: Řízení genové exprese a proteosyntézy u prokaryot • Regulace na úrovni transkripce • Regulace sigma-faktory • Jacobův-Monodův operonový model • Regulační význam cAMP u bakterií • Variace operonového řízení genů • Tryptofanový a arabinosový operon • Řízení terminace transkripce • Regulace bakteriální proteosyntézy na úrovni translace • Řízení genové exprese a proteosyntézy u eukaryot • Regulace na úrovni uspořádání genů • Regulace na úrovni transkripce • Regulace posttranskripčních úprav pre-mRNA • Regulace na úrovni translace • Řízení rychlosti degradace mRNA • Regulace funkce proteinu kotranslačními a posttranslačními úpravami Posttranslační úpravy a targeting proteinů: Signální sekvence polypeptidu, volné a vázané ribozómy • Posttranslační glykosylace proteinů • Targeting nezávislý na glykosylaci proteinů • Targeting mitochondriálních proteinů • Targeting jaderných proteinů • Rozhodovací mechanismus k destrukci nefunkčních proteinů • Receptorem zprostředkovaná endocytóza Biochemie virů: Reprodukce DNA virů • Reprodukce RNA virů • Interferony Biochemie genového inženýrství: Štěpení DNA na definovaném místě řetězce • Účinné dělení fragmentů DNA elektroforézou • Identifikace restrikčních fragmentů • Syntéza umělé DNA • Pomnožení a exprese izolovaného nebo umělého genu v hostitelské buňce

Struktura nukleových kyselin Bakteriální chromozom • Eukaryotické chromosomy • DNA mitochondrií Metody sekvencování • Interakce DNA s proteiny • Histon • Rekon • Topologie DNA Struktura nukleových kyselin (Nukleotid • Primární struktura nukleových kyselin • Sekundární struktura DNA • Sekundární struktura RNA • Základní složky nukleových kyselin) Štěpení nukleové kyseliny hydrolýzou • Denaturace nukleových kyselin, molekulární hybridizace • Thymin Základy DNA diagnostiky Izolace DNA Polymerasová řetězová reakce Elektroforéza nukleových kyselin Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) Vyhledávání mutací Polymorfismus konformace jednoduchých řetězců (SSCP) • DGGE a TGGE • Heteroduplexová analýza Denaturace nukleových kyselin, molekulární hybridizace Southernův blotting Selenocystein a pyrrolyzin

[ upravit vložený článek ]