Uživatel:Lubomir.Stepanek

Kontakt

MUDr. Lubomír Štěpánek
________________________________________
Katedra biomedicínské informatiky
Fakulta biomedicínského inženýrství
České vysoké učení technické v Praze
Kontakt
________________________________________
Oddělení výpočetní techniky
Centrum podpory multimediálních forem výuky
1. lékařská fakulta
Univerzita Karlova v Praze
Kontakt
________________________________________

Moje aktivita na WikiSkriptech

(Spolu)založil jsem a snažím se udržovat a obsahově dále rozvíjet portál R wiki věnující se programovacímu jazyku R a jeho aplikacím v biomedicíně.

O mně

Jsem absolventem všeobecného lékařství na 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy, při studiu medicíny jsem zkoušel současně studovat i teoretickou fyziku na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy. V současnosti studuji postgraduální program Biomedicínská informatika na 2. lékařské fakultě Univerzity Karlovy a na Fakultě biomedicínského inženýrství Českého vysokého učení technického.

Moje zájmy

• Zabývám se bioinformatikou, systémy na podporu lékařského rozhodování, biostatistikou. Láká mě bioinformatika v molekulární biologii a eventuální uplatnění metod machine learning v medicíně.
• Mezi mé neodborné zájmy patří rekreační matematika, masivní online otevřené kurzy (edX, Coursera a další), kompetitivní programování (Google Code Jam, Project Euler, Rosalind, Code Abbey a další) a všeobecná osvěta o jazyce R.

Moje práce

Prakticky denně používám programovací a statistický jazyk R, ve kterém provádím preprocessing a processing dat, jejich následnou statistickou analýzu, eventuelně pomocí něj řeším i algoritmické úlohy a simulace. Speciálně v rámci zpracování molekulárních dat preferuji skriptovací platformu nad jazykem R, a sice Bioconductor. Rovněž pomocí R a jeho derivátu Shiny vytvářím online spustitelné aplikace. Jazyk R upřednostňuji před jemu podobným prostředím Matlab/Octave, i když i ten mám poslední dobou moc rád. Pokud čelím obecné a složité programovací nebo algorimické úloze, zejména však má-li být výstupem nejen skript, ale i samostatně spustitelný soubor, volím obvykle Python; po něm s oblibou sahám i při zpracování nestrukturované textové informace nebo při práci s regulárními výrazy. Naopak při práci s dobře strukturovanými databázemi oceňuji SQL. Pro hezky vypadající textové výstupy se mi osvědčil sázecí jazyk TeX, případně i markupovací jazyk R Markdown, který je součástí R.

Odkazy

• Moje pískoviště
• Můj GitHub účet (must-have platforma moderních programátorů)