Stanovení koncentrace a čistoty DNA

Je-li koncentrace DNA ve vzorku dostatečná, lze ji změřit přímou fotometrií v UV oblasti. Díky velkému množství purinových zbytků má čistá DNA absorpční maximum při 260 nm, přičemž přibližně platí, že absorbanci 1 má roztok DNA o koncentraci 50 μg·ml^-1.

Při 260 nm však absorbují i bílkoviny, jejichž spektrum má díky tyrosinovým skupinám široký vrchol s maximem při 280 nm. V praxi se často odhaduje čistota DNA podle poměru absorbancí při 260 a 280 nm. Čistá DNA má A₂₆₀/A₂₈₀ přibližně 1,8 (čím je poměr vyšší, tím je DNA čistší).

Při práci se zředěnými roztoky DNA není přímá fotometrie dostatečně citlivá. V tom případě se ke stanovení její koncentrace používají nejčastěji interkalační fluorescenční barviva. Jsou to látky, které obsahují několik kondenzovaných aromatických jader, takže mají planární strukturu. Díky ní se mohou „vklínit“, interkalovat mezi vlákna dvoušroubovic DNA, přičemž zvyšují svou fluorescenci. Prototypem interkalačních barviv je ethidiumbromid (3,5-diamino-5-ethyl-6-fenylfenanthridiumbromid).